寻找保守序列

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保守序列的生物学意义｜用 K-mers 寻找保守序列

鉴定宏基因组NGS测序的reads中某一菌株是否存在，一种方式是将宏基因组测序的reads直接mapping到该菌株上，查看SNV的数量是否小于某一阈值，则认为该样本存在这一菌株；另外一种方式是找到需要检测的菌株的保守序列，根据这一保守序列是否存在，进而推断该菌株是否存在。本文将探索如何找到，同一物种水平之下的菌株中的保守序列。